Aquarion

Diversi anni dopo l'ennesima grande catastrofe, l'umanità è impegnata in una strenua lotta contro i cosiddetti Angeli delle Tenebre, forme di vita che vivono nella mitica Atlandia e rapiscono innumerevoli esseri umani per assorbirne il prana, o l'energia vitale. La lotta, con sommo dispiacere degli eserciti delle Nuove Nazioni Unite, è affidata principalmente alla Daeva (letto diiva), un ente a cui sono stati affidati i Vector, tre mezzi da combattimento volanti, irriproducibili e leggendari, provenienti dal lontano passato. I Vector possono essere pilotati solo da ragazzi con poteri speciali (gli Element) e grazie ad essi possono "fondersi" insieme per creare Aquarion, un potente robot da combattimento, che può assumere più configurazioni di battaglia a seconda di quale dei tre Element assume la posizione di testa nell'insieme.

La storia comincia con il primo assalto da parte di Aquarion contro una delle gigantesche macchine antropomorfe da guerra degli Angeli delle Tenebre, un Soldato Cherubim. Durante questo assalto, viene scoperto per caso un ragazzo di nome Apollo, che si scopre essere un Element anch'egli e subito viene sospettato di essere la reincarnazione di Apollonius, detto Ali del Sole, un Angelo che diecimila anni prima aveva tradito la propria razza per amore di un essere umano, Celiane. Apollo riesce senza sforzo e senza addestramento a manovrare un Vector e effettuare la "Fusione" per creare Aquarion; grazie al suo intervento, riesce a sconfiggere il Soldato Cherubim, ma non prima che il suo grande amico d'infanzia Baron venga rapito, insieme a centinaia di altri, dagli Angeli delle Tenebre.

La lotta continua strenuamente tra attacchi dei Cherubim e addestramenti alla Daeva, dove Apollo viene forzatamente portato e dove trova una nuova casa. Col passare del tempo vengono introdotti gli operatori della Daeva, in particolare il suo misterioso capo Gen Fudō, a cui si deve il ritrovamento dei Vector nell'isola di Creta; e gli altri Element, come ad esempio la principessa Silvia, ritenuta la reincarnazione di Celiane, e suo fratello Sirius; Reika la reginetta della sfiga; il calciatore Pierre; l'otaku Jun Lee e la schiva Tsugumi Rottenmaier; Glen, amico di Reika e ora in coma; Rena (letto "Rina"), una ragazza in grado di leggere le antiche scritture dell'Alta Genesi che contengono il resoconto della prima grande battaglia tra Angeli delle Tenebre e esseri umani. Vengono pian piano introdotti anche gli Angeli delle Tenebre, in particolare Toma, che in passato fu l'amante di Ali del Sole ed è il leader "de facto" degli Angeli. Viene svelato anche il lontano passato: Atlantide, residenza degli Angeli delle Tenebre, fu distrutta dodicimila anni prima dall'attacco combinato di tre Element a bordo dei Vector, di cui due erano Celiane e Ali del Sole; è sia per l'affronto subito che per la gelosia che Toma combatte, mentre gli altri angeli hanno obiettivi più pragmatici, ovvero sfruttare e soggiogare gli "esseri senza ali" traditori.

La guerra ha una svolta con due eventi importanti: il primo è la cattura di uno degli Angeli (per gli standard angelici un bambino). L'Angelo rapito viene preso in consegna dall'esercito e vengono effettuati su di lui degli esperimenti, che consentono la costruzione di Vector militari e la rianimazione di Glen, che viene trasformato in una macchina da combattimento. Gli esperimenti uccidono il piccolo Angelo, provocando lo shock di Silvia, Sirius e Apollo, che lo avevano catturato e che sono gli unici Element a percepirne a distanza, telepaticamente, la dipartita.

Questo porta al secondo evento importante: scioccato dalla morte del piccolo Angelo, l'ultimo colpo a una instabilità psichica già marcata, Sirius tradisce la Daeva e passa dalla parte degli Angeli nonostante le preghiere di Reika di rimanere con loro; egli cerca infatti la "bellezza" che crede che gli angeli gli possano dare, ed ha in comune con loro la discendenza (in quanto sia lui che la sorella sono progenie di Ali del Sole e Celiane). Egli infine si vede come il legittimo compagno di Toma in quanto crede fermamente di essere la reincarnazione di Ali del Sole (e crede ovviamente che l'identificazione di Apollo come tale sia un errore). La discendenza di Silvia e Sirius viene così rivelata a tutti gli Element.

Nel gran finale, Tsugumi (grazie al potere dell'Ammore) riesce ad aprire un portale verso Atlandia mentre Toma manda una grande quantità di Cherubim ad attaccare incessantemente. Mentre i Vector militari riescono a fronteggiare l'assalto, Reika, Pierre e Apollo si gettano nel portale per salvare Silvia, che era stata poco prima rapita dal fratello. Oltre il portale non trovano solo Sirius, ma anche Toma, che svela l'arcano: Sirius non è la reincarnazione di Ali del Sole, ma della parte oscura dei ricordi di Celiane (mentre Silvia è la reincarnazione della parte felice); inoltre, è l'Aquarion stesso, e non Apollo, la reincarnazione vera di Ali del Sole. E dopo questa rivelazione, inizia lo scontro finale ...